Beckmann wurde am 12. Februar 1884 in Leipzig geboren. Von 1900 bis 1903 besuchte er die Kunstschule in Weimar, wo er 1902 seine erste Frau Minna Tube kennenlernte (Heirat 1906). 1903/04 besuchte er zum ersten Mal Paris. Im Herbst 1904 ließ er sich in Berlin nieder. Der Galerist Paul Cassirer in Berlin zeigte 1913 Beckmanns erste Einzelausstellung. 1914 meldete sich Beckmann freiwillig als Krankenpfleger. 1915 erlitt er einen Nervenzusammenbruch; seitdem lebte und arbeitete Beckmann in Frankfurt am Main, wo er 1925 eine Professur am Städel erhielt. Im selben Jahr nahm er an der Ausstellung Neue Sachlichkeit in Mannheim teil. Nach der Scheidung von Minna heiratete er im selben Jahr Mathilde (”Quappi”) von Kaulbach.

Zwischen 1929 und 1932 verbrachte er jeweils einen Teil des Winters in Paris. In diesen Jahren fand er zum Triptychon-Format. Als die Nazis 1933 die Macht ergriffen, verlor Beckmann seine Professur in Frankfurt und übersiedelte nach Berlin. Einen Tag nach der Eröffnung der Ausstellung "Entartete Kunst" im Juli 1937, in der auch Werke von Beckmann gezeigt wurden, verließen der Künstler und seine Frau Deutschland. Bis 1947 lebten sie in Amsterdam. Erst 1947 emigrierten sie in die USA; Beckmann hatte einen Lehrauftrag in St. Louis erhalten. 1949 folgte er einem Ruf an die Brooklyn Museum School in New York. Beckmann starb am 27. Dezember 1950 an Herzversagen in New York.